De scholengemeenschap wordt bestuurd door een comité van afgevaardigden gemandateerd door de schoolbesturen van de scholengemeenschap, afgekort het CASS.

De overheid heeft een aantal specifieke bevoegdheden toegekend aan de scholengemeenschappen. Naast die decretaal opgelegde bevoegdheden kunnen schoolbesturen er uiteraard voor kiezen om nog meer bevoegdheden toe te kennen aan de scholengemeenschap.